En julio de 2001 Jorge Zorreguieta debió declarar en el Juicio por la Verdad Histórica, en la Cámara Federal platense. El ex subsecretario de Agricultura de la Nación del gobierno militar afirmó que había realizado gestiones para saber sobre el destino de una chica desaparecida en 1976, pero negó conocer las características que tenía la represión militar.
Fue citado por Matilde Leston, madre de Lidia Inés Amigo, estudiante de arquitectura secuestrada el 21 de diciembre de 1976. La mujer indicó que su marido, Alberto Amigo, se había dirigido a Zorreguieta, quien lo había sucedido en el cargo, para que lo ayudara a encontrar a su hija.
Zorreguieta admitió ante el tribunal que había recibido a Amigo a fines de diciembre de 1976 o enero de 1977: "Vino a decirme que su hija había sido detenida y que no tenía noticias de ella", resaltó.
Recordó que luego se contacto con "el teniente coronel Pedro Coria y le expuse sobre el tema, pero dijo que nada podía hacer. No estaba en condiciones de hacer más ni tenía acceso a esa información. No tenía conocimiento de las características de la represión, por los diarios me enteraba sobre lo que ocurría", dijo
Pero Michiel Baud, historiador que elevó un informe ("El padre de la novia") a pedido del gobierno holandés, concluye sobre él: "Enfocándome en el contexto de su trabajo, la posibilidad de que supiera de violaciones a los derechos humanos y si había tomado parte activa en eso en el período entre 1976 y 1981, Zorreguieta tuvo una posición alta. No podía ignorar lo que ocurría en el país. Callarse es cada vez menos aceptable. Por la responsabilidad y el cargo que tenía". Luego, le negaron la entrada a los Países Bajos.
En 2005 fue denunciado por la desaparición de la bióloga Marta Sierra, empleada del Inta, pero no fue imputado.
Nacido en 1928 en Entre Ríos, fue hombre de confianza de Martinez de Hoz, secretario de Confederaciones Rurales Argentinas, de la Sociedad Rural Argentina, presidente de la Comisión Coordinadora de Entidades Agropecuarias y presidió en 2008 el Centro Azucarero Argentino.
Zorreguieta estaba al corriente de lo que pasaba. Sabía de las desapariciones de personas"