Si el submarino está en el fondo del océano su localización pasa por la acústica, en concreto el uso de sonar pasivo (hidrófonos) y activo. Sin la cooperación del propio sumergible cualquier posible localización pasa por descubrir sonidos no provenientes de fuentes naturales o por recibir el eco de un sonar activo rebotado en el casco del buque. Los ruidos anómalos detectados en el área de búsqueda tras la desaparición del San Juan son la principal pista ahora; si se han detectado en varios sensores se podría triangular la posición de origen.
En cuando a la posible detección con sonar activo se encuentra con el problema del alcance reducido de las sonoboyas. Cuando un submarino está en movimiento el que lo busca, habitualmente en rol de "cazador", puede lanzar sonoboyas para detectar el ruido de sus hélices y su casco de modo pasivo, y cuando tiene una idea aproximada de su posición lanza sonoboyas activas que "iluminan" la localización exacta.
Pero como el "San Juan" está inmóvil en el fondo del océano, sus rescatistas no cuentan con esa posibilidad y necesitan usar sonar activo. La búsqueda se dificulta, incluso usando los sonares de barrido lateral que equipan a varios de los buques. Estos sistemas, usados en la industria petrolífera y para localizar naufragios, pueden encontrar incluso pequeñas anomalías en el fondo del mar representadas con gran detalle y son capaces de "barrer" largas líneas de fondo. El ancho de cada barrido, sin embargo, es escaso; se tardará tiempo en cubrir la zona de búsqueda por completo. Claro que ahora se lo busca en un sector de 10 millas de lado, y ya no en la enorme zona anterior. El nuevo sector limitado se logró a partir de la señal detectada por la red internacional de la Organización del Tratado de Prohibición de Ensayos Nucleares (CTBTO, por sus siglas en inglés). Y próximamente se sumarán a la búsqueda los minisubmarinos robot de EEUU y Rusia, que podrán proveer con visibilidad remota con sus cámaras de televisión.
Para dar una idea de lo "furtivos" que pueden resultar los submarinos, vale un antecedente. En 2007, la marina de Chile recibió sus dos flamantes submarinos de la clase "Scorpene". Para probar si tenían la "invisibilidad" que aseguraba el fabricante francés, los dos navíos participaron en un juego de guerra submarina contra más de 20 buques de superficie, entre los que destacaban unidades de la US Navy, la Royal Navy y la Marina Nacional de Francia, además de la Armada Argentina. Durante 15 días, los buques intentaron en vano detectar con sus hidrófonos y sonares activos a los dos Scorpene. No lo lograron nunca, pese a que estos estaban en navegación, con sus motores eléctricos encendidos y sus hélices girando.
