Sus principales opositores no estuvieron fuera de la Iglesia católica, sino dentro. En la última década de su largo obispado en San Cristóbal de las Casas, Samuel Ruiz García debió enfrentar duras críticas hacia su labor y repetidas intentonas de removerlo de Chiapas por parte de las cúpulas del Episcopado Mexicano y el nuncio papal Girolamo Prigione Pozzi.
Por su identificación con la línea teológica y pastoral conocida como opción preferencial por los pobres, el obispo Samuel Ruiz, junto con otros con igual cargo en países de América Latina y teólogos que compartían la misma elección, debieron padecer los acosos doctrinales y políticos emanados desde Roma. Durante el papado de Karol Wojtyla –Juan Pablo II– como lo denunció en su momento el teólogo católico Hans Küng, se llevó a cabo la restauración de un conservadurismo preconciliar. Fue así que al mismo Küng el autoritarismo anidado en el Vaticano le prohibió enseñar teología católica. Lo mismo le sucedió al sacerdote brasileño Leonardo Boff, y a muchos otros renuentes a sujetarse irrestrictamente a la ortodoxia normada por Roma.
A principios de la década de 1990 hubo fuertes movimientos realizados por el nuncio Prigione para quitar del obispado de San Cristóbal de las Casas a Samuel Ruiz. Antes de eso las advertencias a Ruiz García por desviarse de las prácticas eclesiales bien vistas en la sede papal no fueron atendidas por éste en la forma allá deseada. Entonces subrepticiamente Prigione comenzó a preparar todo para desterrar al obispo de la diócesis coleta.
La intentona trascendió y se levantó la solidaridad con el obispo acosado. Organizaciones indígenas chiapanecas, entre ellas el gran movimiento de diáconos y catequistas integrantes de la línea pastoral del obispo Ruiz García, denunciaron que el fondo de todo era el descontento de los auténticos coletos (ganaderos, terratenientes y privilegiados por sus vínculos con la clase política regional) con la poca espiritualidad de las enseñanzas y sermones de Samuel Ruiz. Para ellos hablar a los indígenas de derechos humanos y justicia tenía que ver más con activismo sociopolítico que con el Evangelio. Por su parte el obispo defendía su acercamiento señalando que la verdadera espiritualidad, muy distinta del espiritualismo, debía incluir tanto lo interno como lo externo, que de eso se trataba la enseñanza evangélica de la encarnación.
Cuando la irrupción zapatista, el primero de enero de 1994, pulularon seudo explicaciones de su gestación. Hubo un sinfín de señalamientos hacia el responsable de la diócesis de San Cristóbal de Las Casas. Sin pruebas acusaron al obispo Samuel Ruiz de ser el principal instigador del Ejército Zapatista de Liberación Nacional. Esas endebles explicaciones fueron miopes a las condiciones sociales, económicas, políticas y culturales de explotación y discriminación con las que los indígenas chiapanecos habían sido lacerados por siglos.
Entre los señalamientos más recurrentes a la línea pastoral del obispo Samuel Ruiz, desde el seno mismo del Episcopado Mexicano y los sucesivos representantes papales, estuvo el de que su diócesis era una de las que experimentaba la mayor descatolización del país. Los censos mostraban que al iniciar su obispado en San Cristóbal de las Casas la media estatal de población protestante/evangélica ascendió a 4.2 por ciento. Cuarenta años después, para 2000 los números llegan a casi 20 por ciento. Pero la media en zonas indígenas pertenecientes a la diócesis de Samuel Ruiz, alcanzan porcentajes de población protestante/evangélica que rebasan con mucho el promedio de Chiapas: zona chol, 30 por ciento; zona tzotzil, 24 por ciento; zona tzeltal, 32 por ciento. En las tres zonas hubo, de acuerdo con el Censo del 2000, municipios que rebasaron 40 por ciento de quienes se declararon protestantes/evangélicos.
A pesar de las cifras anteriores, un análisis detenido de la pastoral de Samuel Ruiz García evidencia que lo sucedido durante sus cuatro décadas al frente de la diócesis de San Cristóbal de las Casas fue una revitalización del catolicismo en poblaciones preponderantemente indígenas. Antes de él la característica del trabajo pastoral católico fue la ausencia, o fugaces visitas, de sacerdotes en y a los pueblos indios. El obispo pudo ver con claridad que era necesario involucrar decididamente a los indígenas en el trabajo eclesiástico, tal como lo hacían las iglesias evangélicas, cuyo desarrollo estaba preponderantemente en manos de los creyentes de las localidades.
El vital movimiento de diáconos y catequistas, fomentado decididamente por Samuel Ruiz a partir de la segunda mitad de la década de los setenta, le valió el encono de quienes en la Iglesia católica favorecen el ministerio centrado en los sacerdotes. Al ampliar su eclesiología, y entregar muchas de las funciones concebidas originalmente sólo para quienes ejercen el sacerdocio, Ruiz García desafió al elitismo que exalta muy por encima de la feligresía a los curas ordenados. Los guardianes de la pureza de la casta sacerdotal lo hostigaron todavía más cuando se atrevió a ordenar diáconos permanentes casados, y dejó entrever que para completar el desarrollo –inculturación le llamaba– sería necesario llegar a la ordenación de sacerdotes indígenas con vínculo matrimonial.
Fue un obispo incómodo para los poderes dominantes en la Iglesia católica, aunque no nada más para los asentados en ella.
