La investigación administrativa y judicial de la desaparición del submarino ARA San Juan permitió conocer la última comunicación de los tripulantes con tierra firme. Según el diario Clarín, el miércoles 15 de noviembre de 2017 a las 7.19, los tripulantes del submarino estaban "fatigados" después de haber soportado una tormenta con olas de hasta 6 metros en la superficie. Fueron estas olas las que provocaron el ingreso de agua y el daño de las baterías. El comandante ordenó bajar a 40 metros de profundidad, yendo mar adentro, para intentar reparar una parte de las baterías y permitir un descanso a la tripulación de 44 marinos.
En el último mensaje cifrado del San Juan, enviado por el teniente de navío Fernando Villarreal, a la Central de Comunicaciones de Submarinos se reportó que a esa hora "estaban a plano de periscopio", es decir con ese mástil sobre la superficie del mar y "propulsado con circuito dividido", porque habían desconectado las baterías de la proa de la nave por "cortocircuito y principio de incendio". En ese mensaje, se reportó que iban rumbo a Mar del Plata a 5 nudos de velocidad.
El comandante del San Juan, capitán de fragata Pedro Fernández, informaba además que "tenía intenciones de descansar porque el temporal los había castigado durante la navegación en superficie de la noche anterior" y que "luego irían a plano 40 para entrar al tanque de baterías n 3 y evaluar daños". Esto es, iban a bajar a 40 metros para evitar el brutal zarandeo a que los sometían las olas en la superficie. Cuando ocurre esto, la tripulación debe atarse a puestos predeterminados para evitar golpes que pueden resultar mortales.
En diciembre, el canal América 24 reveló un resumen de este mensaje que ahora se conoce íntegro —según destaca el periodista de Clarín Daniel Santoro— , del descargo del destituido jefe de la fuerza de submarinos, capitán de navío Claudio Villamide.
La explosión que provocó la tragedia se detectó a las 10.31 de ese 15 de noviembre. Se presume que el San Juan explotó por el hidrógeno que liberaron las baterías afectadas por el agua de mar —que había entrado por el snorkel, usado para tomar aire fresco— a 40 metros de profundidad. Al no poder evitar el hundimiento, a los 300 metros de profundidad el buque comenzó a colapsar y produjo un estallido, que se registró en dos redes de escucha submarina globales.
Villarreal y el suspendido jefe de Adiestramiento Naval, vicealmirante Luis López Mazzeo, presentaron descargos contra el sumario elaborado por el también destituido jefe de la Armada, almirante Marcelo Srur, quien los acusó de haber permitido zarpar al San Juan desde Ushuaia, a pesar de que registraba "severas anomalías". El sumario de Srur provocó que cuatro vicealmirantes pidieran su pase a retiro en solidaridad con López Mazzeo, quien iba a ser antes de la pérdida del San Juan el nuevo jefe de la Armada.
