El galeón San José, como su gemelo San Joaquín, disponía de dos cubiertas y castillo y portas para setenta cañones, aunque nunca llegó a embarcarlos, contando en su salida para América con 26 cañones de 18 libras, 26 de 10 libras y 8 o 10 cañones de seis libras. Sus medidas les daban una eslora de 71 codos (unos 35 metros), 22 de manga (once metros) y 10 de puntal (cinco metros) en la bodega.

Desde su entrega en 1699 el San José hizo la travesía de Pasajes a Cádiz con su gemelo San Joaquín para alistarse en su viaje de escolta con la flota de Galeones a Tierra Firme, que zarpó siete años después.

A su regreso a España, la flota llevaba embarcados 22 millones de monedas de a ocho escudos; se cree que el San José iba cargado con entre 7 y 11 millones de monedas de ocho escudos en oro y plata.

El tesoro resultaba vital para Felipe V de España, en pleno fragor la guerra de Sucesión. Hacía seis años que de sus colonias españolas no le llegaba un peso y el viaje de regreso del San José, repleto de las riquezas acumuladas en ese tiempo, era una gran inyección económica para mantenerse en buen pie de guerra.