Javier Pinola lució una sola vez la casaca de la selección argentina. Fue el 5 de junio de 2007, cuando en un amistoso previo a la Copa América de ese año, el por entonces defensor del Nuremberg alemán, se calzó la camiseta número 13 para jugar los 90 minutos ante Argelia, partido que terminó 4 a 3 a favor de la albiceleste.

Aquella noche, Pinola, luciendo una larga cabellera, tuvo de compañeros de zaga a Burdisso, Robert Ayala y Gabriel Milito. El arquero era el Pato Abbondanzieri. Los volantes eran Zanetti, Gago y Cambiasso y en el ataque estaban Messi, Tevez y Diego Milito. Tambien ingresaron Mascherano, Aimar y Crespo.

Los goles del equipo argentino fueron marcados por Tevez, dos de Messi y Cambiasso. 

Ahora, tras la convocatoria del Tata Martino para la serie eliminatoria para el Mundial de Rusia 2018, Pinola participará de los partidos ante Chile (24 de marzo) y Bolivia (29 de marzo).