El penúltimo programa será dedicado a su muerte y la exhumación de sus restos. Belgrano llegó a Buenos Aires en plena Anarquía del Año XX, ya seriamente enfermo de hidropesía. Esta misma enfermedad lo llevó a la muerte, el 20 de junio de 1820. En su lecho final fue examinado por el médico escocés Joseph Redhead, que lo atendió en su casa; al no poder pagarle por sus servicios, pues en ese momento estaba sumido en la pobreza, Belgrano quiso darle un reloj como pago, ante la negativa del galeno a cobrarle, Belgrano tomó su mano y puso el reloj dentro de ella, agradeciéndole por sus servicios. Se trataba de un reloj de bolsillo con cadena, de oro y esmalte, que el rey Jorge III de Inglaterra había obsequiado a Belgrano.

Una de sus últimas frases fue de esperanza, a pesar de los malos momentos que pasaban tanto él como su patria:

… sólo me consuela el convencimiento en que estoy, de quien siendo nuestra revolución obra de Dios, él es quien la ha de llevar hasta su fin, manifestándonos que toda nuestra gratitud la debemos convertir a su Divina Majestad y de ningún modo a hombre alguno.

Murió en la pobreza a pesar de que su familia había sido una de las más acaudaladas del Río de La Plata antes de que Belgrano se comprometiera con la causa de la independencia.

El mismo día de su muerte es recordado como el Día de los tres gobernadores pues se desataba una crisis política en el gobierno ejecutivo de la provincia. Esto ayudó a que su fallecimiento pasara casi inadvertido. El único diario que publicó la noticia fue "El Despertador Teofilantrópico", que era redactado por el fraile franciscano Francisco de Paula Castañeda.

Cumpliendo con su última voluntad, su cadáver fue amortajado con el hábito de los dominicos tal como era costumbre entre los terciarios dominicos, de los que formaba parte y fue trasladado desde la casa paterna en la que murió -actual Avenida Belgrano, n.º 430- al Convento de Santo Domingo, recibiendo sepultura en un atrio. Como su familia no tenía dinero para hacer la lápida para su tumba entonces se improvisó una con el mármol de una cómoda de su hermano Miguel Belgrano.

El 4 de septiembre de 1902, una comisión designada por el presidente de la Nación, Julio Argentino Roca, procedió a exhumar los restos de Belgrano, para trasladarlos a la urna que fue depositada en el monumento que se inauguró en octubre de ese año en el mismo atrio de Santo Domingo. Dicho monumento se construyó por suscripción popular.

Levantada la lápida, se retiraron los huesos que fueron colocados en una bandeja de plata. Entre ellos se encontraron algunos dientes, uno de los cuales fue tomado por el ministro del interior, doctor Joaquín V. González, y otro por el ministro de Guerra, coronel Pablo Riccheri. Este hecho fue publicado y condenado por los principales diarios porteños y concluyó cuando el prior de Santo Domingo comentó, en cartas al diario La Prensa, que había recibido ambos dientes. El ministro González se había justificado ante el prior diciendo que se había llevado el diente para mostrarlo a sus amigos, y Ricchieri dijo que el lo retiró para presentarlo al señor general Bartolomé Mitre.