Austral Líneas Aéreas surgió en 1971 como resultado de la alianza entre Aerotransportes Litoral Argentino (ALA) que había sido fundada en 1956, y Austral Compañía Argentina de Transportes Aéreos, fundada en 1957.

A principios de 1980, Austral (AU) fue estatizada de modo que junto con Aerolíneas compartieron el monopolio de las rutas aeronáuticas de cabotaje.

Sin embargo, en 1985 fue privatizada pasando a pertenecer al grupo Cielos del Sur.

En 1990 la aerolínea española Iberia y Cielos del Sur formaron un consorcio que ganó la privatización de Aerolíneas Argentinas, momento a partir del cual comenzó un gradual proceso de fusión entre Austral y Aerolíneas.

En 2001 la empresa se halló prácticamente en la bancarrota, lo que llevó a la venta de ambas aerolíneas al Grupo Marsans.

Austral y Aerolíneas Argentinas comparten rutas aéreas, sus oficinas se hallan en el mismo lugar, toda la gestión comercial y administrativa es conjunta y Austral emplea un sector del aeroparque Jorge Newbery conjuntamente con Aerolíneas Argentinas.