Ordenado sacerdote el 15 de agosto de 1986, monseñor Fernández obtuvo la licenciatura en Teología con especialización bíblica por la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma, en 1988. En 1990 se doctoró en Teología en la Facultad de Teología de la UCA con una tesis sobre la relación entre el conocimiento y la vida en san Buenaventura.