El carácter público, colegiado y participativo que prevalece en la gestión de estas instancias educativas asegura que las familias puedan participar en la definición de las líneas pedagógicas esenciales de acuerdo a los requerimientos locales, intervenir en la selección de los docentes y en la vigilancia del funcionamiento del sistema, según informan los impulsores del proyecto de la escuela rural cogestionada en forma comunitaria.

La organización institucional de estos espacios de formación campesinos incluirá, además de la estructura tradicional (director, profesores y coordinador pedagógico), orientadores comunitarios que serán capaces de ejercer un seguimiento pedagógico de la permanencia de los alumnos, y aportar a la contextualización de la innovadora propuesta pedagógica.