Calvino tenía ideas muy propias sobre el sacramento de la comunión. Al respecto sostuvo una larga disputa con Martin Lutero. Según Lutero, Cristo estaba presente en la mesa del Señor a través del cuerpo y la sangre. En cambio para Calvino, sólo se hacía presente indirectamente por medio del Espíritu Santo. El conflicto desencadenó la separación de las iglesias luteranas y protestantes-reformistas durante siglos. Recién fue parcialmente superado en 1973 a través del Concordia de Leuenberger.