Los cuestionamientos al nuevo Papa se centraron en la acusación de no haber ayudado a los dos jesuitas. El propio Bergoglio declaró haberles advertido de los peligros y haber intentado interceder por ellos ante la junta militar, pero sin éxito. Yorio murió hace unos años. En noviembre del 2010, Bergoglio declaró ante la Justicia haberle pedido a Massera por la aparición de Orlando Yorio y Francisco Jalics.