La beatificación de Juan Pablo II despertó críticas desde dentro y fuera de la Iglesia. “Es un proceso apresurado e ignora las pruebas sobre si estuvo al tanto de denuncias de abusos contra niños cometidos por sacerdotes. Es una decepción para nosotros, como víctimas de abusos de sacerdotes, saber que no se analizaron todas las pruebas de que Juan Pablo II sí estuvo al tanto de estos delitos”, dijo Joaquín Aguilar Méndez, vocero en México de la Red de Sobrevivientes de Abuso Sexual por Sacerdotes.
  Aguilar, víctima de abusos en su infancia por un cura, resaltó que la beatificación de Wojtyla “demuestra únicamente la desesperación de la Iglesia Católica por limpiarse del escándalo de pederastia. Es un irrespeto para todas las víctimas que sus querellas no hayan sido respondidas con justicia”, según publicó Nuevo Diario de México el 18 de enero último.   
Desde México el Observatorio Eclesial que agrupa a organizaciones católicas emprendió una campaña contra la beatificación, por “la dura confirmación del celibato eclesiástico”; el rechazo a “discutir en forma seria y profunda la condición de la mujer en la Iglesia”; la “no aplicación de normas para una mayor democracia interna”, y la “represión” de los teólogos de la liberación marxista en América latina”. También se cita el rechazo al uso del preservativo y al matrimonio gay.
En tanto, los historiadores recuerdan que en 1983, el Papa reprochó al sacerdote Ernesto Cardenal por asumir como ministro de Cultura del gobierno sandinista en Nicaragua. Pero cuatro años después compartió en Chile el balcón del Palacio de la Moneda con el dictador Augusto Pinochet. En tanto, Juan José Tamayo Acosta, teólogo español vinculado a la teología de la liberación, resalta el apoyo del Opus Dei al Papa polaco. Indica una “similar concepción de conservadurismo teológico y autoritarismo eclesiástico”. Y, relacionó a esos vínculos, a la canonización del líder de ese grupo, el español Josemaría Escrivá de Balaguer.
  Por otra parte, sobre las denuncia contra curas pedófilos, más de cuatro mil acusados sólo en EEUU, se repudia al Vaticano que sólo haya traslado a los acusados o indemnizado a las víctimas
  José Barba Martín, ex Legionario de Cristo que en 1997 envió a Juan Pablo II una carta denunciando los abusos de Marcial Maciel, advirtió: “El Vaticano no quiso abrir un proceso canónico y por eso acudimos a la ONU. El Papa puede pasar a la historia como un encubridor”.