San Genaro se emplaza al sudoeste del departamento San Jerónimo, en el centro-sur de la provincia de Santa Fe. A través del Ferrocarril General Belgrano, la ruta nacional 34 y la ruta provincial 65, se vincula con centros urbanos importantes como Rosario a 99 kilómetros, Santa Fe a 126, Rafaela a 135, Córdoba a 375 y Buenos Aires a 393. Es la ciudad número 50 de la provincia de Santa Fe y la tercera del departamento San Jerónimo. Quedó unida política y jurídicamente el 31 de agosto de 2006, cuando la Legislatura santafesina aprobó una ley para unir las entonces comunas de San Genaro y San Jenaro Norte, tras ochenta años de división.

La historia de los orígenes del poblado cuenta que la familia Chavarri, quienes tenían cierto parentesco por línea materna con Carlos Casado, sostuvieron con él un largo pleito, hasta que este último adquirió las tierras en un remate judicial. Eran ocho leguas y media. Casado, quien se había establecido para su actividad colonizadora, en Colonia Candelaria, fundada por él juntamente con Villa Casilda, encomendó la organización de la colonia en los campos adquiridos aquí a su administrador, don Cayetano Biota, quien fundó en 1882 la colonia San Genaro.

El nombre de la localidad se le dio en honor a Genara, la segunda hija de Casado. La abuela materna de don Carlos también se llamaba Genara. Se puede pensar que el nombre y el santo patrono fueron adoptados en virtud de la descendencia italiana de los pobladores, ya que San Genaro es un santo tan conocido y de quien la gente es muy devota en Italia. Biota instaló la administración de la colonia en un galpón que existía ya en tiempos de Chavarri, frente a la plaza pública de San Jenaro Norte. Allí fundó los cimientos para el trazado del pueblo al cual el propio Casado dio el nombre de Villa Biota, para honrar de esta manera al hombre competente y leal que había interpretado fielmente el sentir de Carlos Casado en el trato con los colonos durante la instalación de la colonia, según consta en testimonios de sus descendientes a los pobladores.

Cayetano Biota había nacido en España y era un hombre culto. Como administrador de la colonia, él mismo recordaba que al manifestar a don Carlos su preocupación por el modo como debía tratar a los colonos, éste le había pedido que tuviera tolerancia y comprensión, sobre todo con aquellos que trabajaban duramente. Lo importante era procurar que se arraigaran en el lugar.

Todo esto demuestra los antecedentes comunes y que el origen de estos dos pueblos fue uno solo. Algo curioso es que el ferrocarril, que fue tendido a través de las pampas para comunicar a las poblaciones con los grandes puertos, pero que en red de hierro llevaba entretejidos el ansia y los sueños de Sarmiento por ver estrechamente unidas entre sí a todas las regiones tan diversas de la Nación, haya sido de algún modo el origen de la formación de otra población dentro del ejido de la misma colonia, San Genaro.

Aquellos colonos habían venido de muy lejos arrastrando enormes dificultades. Para viajar desde Rosario habían cruzado cañadas y arroyos trasladándose en carros sin elásticos por caminos que no eran tales. Ante la realidad de los rieles del ferrocarril se encontraron como si ante ellos se abrieran las puertas del cielo. Algunos que vivían en los campos decidieron trasladarse al pueblo para dedicarse a distintos oficios. Lógicamente, desearon “estar cerca de la estación”.

Luego de idas y vueltas, tratando de negociar entre los dueños de la empresa ferroviaria y colonos que necesitaban ceder tierras para construir la estación, fue el señor Pedro Giraudo, radicado en la zona de Irigoyen, quien tenía campos en la zona y los cedió a la empresa. Se tomó lo que se necesitaba para la línea férrea y el resto se vendió a Rafael Escriña y Máximo Laiseca, quienes comenzaron a vender terrenos y se ocuparon de trazar los planos del nuevo pueblo que nacía junto a las vías del ferrocarril.

La ley de creación de la ciudad de San Genaro, iniciativa única en el país, fue aprobada el 31 de agosto de 2006 por los legisladores provinciales y promulgada por el gobernador Jorge Obeid. El 19 de septiembre se celebran las honras a San Genaro, el patrono de ambas localidades. La ciudad funciona como tal desde el 9 de diciembre de 2007, con la asunción de las nuevas autoridades políticas y la unificación de las dos comunas en un municipio.